元亀・天正の間、石山本願寺と織田信長は後に本願寺十年戦争といわれる騒乱の中で幾度となくぶつかり合っていた。

当時、伊勢・尾張・美濃の三国の水陸の交通の要所であった桑名の地は、長島一向一揆をはじめとする真宗の一大法難の時期に直面していた。本願寺第１１代顕如【けんにょ】上人は、この桑名（当時の名称は三崎【みさき】）に「今寺【いまでら】」と俗称された一宇【いちう】の坊舎を草創し、本山との連絡、諸種の法務、非常時の際の協議集合の便を図った。

そして、争乱終結後の慶長元（１５９６）年、第１２代教如上人によって、この「今寺」を本願寺の禄所【ろくしょ】として取り立てられたのが桑名別院の草創です。

当別院の開基は教如上人の娘の長姫【おさひめ】であり、女性開基の別院は全国でも珍しい。しかし、当時は９歳であったため、小松（石川県）勧帰寺【かんきじ】の玄誓【げんせい】が寺務を執りました。その後は、当院第２代寿量院宣慧【じゅりょういんせんね】、同じく第３代慧浄院琢慧【えじょういんたくえ】へと引き継がれ、慶安２（１６４９）年５月４日、「本統寺」と改称され、長きに渡り三重の門徒衆にとって大切な聞法の中心道場、また、儀式の場となっていきました。

その後、延宝年間（１６７３～１６８１）に堂宇【どうう】は失火により悉【ことごと】く焼失してしまったが、山田彦左衛門の一寄進により、雄大な八棟造りの本堂をはじめ、対面所、書院等が復興されました。

しかしながら、昭和２０（１９４５）年７月の二度にわたる桑名大空襲により、桑名の町の７割が焼失し、桑名別院も本堂および諸殿は灰燼【かいじん】に帰しました。（現在の境内地で唯一戦火を免れたのは親鸞聖人の銅像であり、その聖人が被られている笠を下から見上げると焼夷弾【しょういだん】が貫通してできた小さな穴を見ることができる。）しかし、門末の弘法への願いは篤く、本堂は京都府下の時宗の寺院から、山門および鐘楼堂【しょうろうどう】は大阪の八尾【やお】別院から、庫裏【くり】は海津【かいづ】市の豪農菱田氏より譲り受け、昭和２５（１９５０）年にはいち早く復興されました。

そして、２０１４年３月には宗祖親鸞聖人七百五十回御遠忌を厳修し、その記念事業として本堂内陣、並びに仏具の修復、庫裏の屋根葺き替えと耐震補強工事、同朋会館の屋根の修復が無事に完成しました。

当院第３代慧浄院琢慧【えじょういんたくえ】上人は詩歌に大変造詣が深く、そのような縁で、時の桑名藩主松平定重【まつだいらさだしげ】との交流も深く、その縁で俳人松尾芭蕉とも親交があった。芭蕉は当院に宿泊した際に下記の句を詠まれたと伝えられています。境内にはその句碑が建立されている（昭和１２年建立）

冬牡丹　千鳥よ雪の　ほととぎす

（訳）千鳥を聞きながら、雪中に牡丹とは、なかなか見られない光景であるよ。今の今まで、牡丹とくればほととぎす、と思っていたのに

桑名別院は昭和２０（１９４５）年の２度にわたるアメリカ軍による桑名大空襲により、別院の本堂及び諸施設は灰燼に帰し、（親鸞聖人銅像と灯篭を除く）別院の法宝物・別院の歴史的資料等もまた、その多くが焼失してしまいました。

桑名別院に現存する唯一の記録誌となる『本統寺誌』（大正３年発行）の中には戦火によって焼失する以前の別院を撮影した貴重な写真が何点か掲載されています。